En la temporada 2005/2006, ganó por primera vez en su historia la Liga ACB, nuevamente con Garbajosa consiguiendo el galardón de mejor jugador de la final, gorra de la nba último broche en Europa antes de marcharse a la NBA. El 25 de julio de 2008, Ellis extendió su contrato con los Warriors a 6 años y 67 millones de dólares, convirtiéndose así en el jugador mejor pagado de la franquicia. Esto llevó a que con solo 15 años forme parte del plantel profesional del Club Córdoba que se encontraba jugando torneos nacionales a finales de los 80. A los 17 años pasó por Unión de Ituzaingó y desde ahí en el básquet profesional, en San Jorge (Santa Fe), La Unión de Colón y Echagüe de Paraná, Luz y Fuerza de Posadas, Estudiantes de Olavarría, Ferro Carril Oeste, Ben Hur de Rafaela, Club de Regatas Corrientes, Peñarol de Mar del Plata y Club Atlético Obras Sanitarias de la Nación. En la Primera División, máxima categoría que constaría de 10 clubes, se acordó que jugarían los clubes que se habían proclamado hasta la fecha campeones de la Copa del Rey (Athletic Club, Real Madrid, FC Barcelona, Real Unión de Irún, Arenas de Guecho y Real Sociedad) más 3 finalistas (Atlético de Madrid, CE Europa y RCD Español).
Si bien, en la década del sesenta el Atlético Nacional acumuló varias decepciones y pocos éxitos, durante la década del setenta se empezó a escribir una historia distinta. Incluso, hinchas de Independiente formaron una agrupación en los inicios del periplo por la B Nacional que tuvo como objetivo pintar de rojo los espacios grises del estadio semi-abandonado en construcción, ante la severa crisis macroeconómica que atravesaba el club. En 2021, visitando por última vez la casa del Rojo (esta vez el Estadio Libertadores de América) como director técnico de Gimnasia y Esgrima La Plata, volvió a rendir homenaje a Bochini y pidió que el estadio lleve su nombre. Bochini además es el autor del gol con el que Independiente le ganó a la Juventus en 1973 por la Copa Intercontinental, participando también en la conquista de 1984 ante Liverpool. Copa Confraternidad Argentino-Brasileña (1): 1939 (compartida con River Plate). El envión continuó en 2016 alcanzando la final de la Copa Argentina de Futsal por primera vez, la cual perdió ante River Plate.
El último partido se presentó como toda una final. Tal es su legado que Diego Maradona lo consideró como su ídolo y «maestro», llegando a reconocerse hincha de Independiente por Bochini. Ricardo Bochini es reconocido como el máximo ídolo del club, realizando toda su carrera en Independiente a lo largo de 19 temporadas, entre 1972 y 1991. Ganó 14 títulos, seguido por Ricardo Pavoni, campeón 12 veces. Se enfrentaron por primera vez en 1907, con victoria de Independiente por 3-2. Es considerado como el segundo clásico más importante del fútbol argentino, detrás del Superclásico entre Boca Juniors y River Plate. Tras una dura derrota ante Unicaja (90-62), el equipo de Huelva se preparaba para debutar en un reformado Polideportivo Andrés Estrada en la sexta jornada ante el Fórum Valladolid, pero los 4000 aficionados que, por primera vez en la historia, veían Liga ACB en Huelva no pudieron disfrutar de una victoria de su equipo, que perdió (81-88). La dinámica negativa del CB Ciudad de Huelva se prolongó hasta el mes de noviembre, con 11 derrotas en 12 partidos.
Excepto entre Nacional e Inter de Porto Alegre, en donde hay una tensa rivalidad. Mantiene amistades con: Nacional de Uruguay, América de Cali de Colombia, Toluca de México e Internacional de Brasil. Independiente compite en la Primera División del fútbol femenino desde la temporada 2018-19, tras consagrarse campeón de la Primera B 2017-18. Fue uno de los equipos fundacionales de 1991, y participó en todos los campeonatos de Primera División, a excepción de la mencionada temporada en la B de 2017-18. El equipo femenino de fútbol oficia de local en el Predio de Villa Domínico, y utiliza ocasionalmente el Estadio Libertadores de América en encuentros especiales. El gran endeudamiento del club, unido a la crisis inmobiliaria que sufrió el país, hizo suspender la construcción del futuro estadio a principios de 2009. Al descender el precio del suelo ya no se podía vender el suelo del actual Mestalla para afrontar la construcción del nuevo. Es uno de los pocos clásicos en el mundo que enfrenta a dos equipos campeones del mundo. Sabía que el mundo querría estar afuera y, al mismo tiempo, sabía que teníamos este nuevo miedo de este trauma, de este momento de lo que significaba salir.